多个著名研究机构组成的研究小组根据从世界各地患者处收集到的559个食管癌和胃癌样品，经过全面综合的分析发现食管癌实际上应该是两种不同类型的癌症，它们的分子特征截然不同，应该被认为是两种疾病。
这一研究成果属于癌症基因组图谱研究计划，是于2006年发起的一项针对所有类型肿瘤变化综合全景图的计划，旨在对癌症生物学获得新的见解，可能用来开发更好的治疗方法。
最新成果包括两方面的重要内容：其一是上食道癌更接近于头部和颈部的癌症，而食管下部的肿瘤实际上与胃癌的一种亚型很相似；第二癌症临床试验应根据分子亚型来对患者进行分组，一般来说，将下部食管肿瘤与胃癌分在一组组，上食管癌需要另外评估分析。
这些发现为目前对食管癌基因组学的理解提出了多个深度和复杂性层面的新观点，希望这项工作能解决了食管癌领域一直存在的一些不确定问题，并且未来这将可以作为研究人员和药物研发企业开放更有效临床试验和新治疗方法的参考手册。
很多年前，临床医师们就发现在显微镜下观察食管癌，这些癌症会分成两种类型，类似于胃癌或结肠癌，以及类似于一些肺部，皮肤和头颈部的癌症。他们不清楚这些癌症的区别，以及食管腺癌（esophageal adenocarcinoma）和胃癌之间的关系。
发现这些临床亚型在分子水平上具有很大的不同。新研究表明这些肿瘤起源自食道还是胃部并没有它们各自的肿瘤分子特征那么重要。
食管癌发病率并不高，但是一旦被发现就会导致患者死亡，目前并没有十分有效的治疗方法。而且在过去四十年中食道癌的发病率直线上升，比如美国自20世纪70年代中期以来增加了7倍。在这一研究领域存在关于食管腺癌与胃中发生的腺癌到底是什么关系的不确定性。
这项最新研究针对于此进行了探讨，并提出了新的观点，指出食管腺癌与一类称为染色体不稳定肿瘤（chromosomally unstable tumors）的胃癌具有显着的分子相似性，其标志就是显著的结构染色体畸变。
根据数据可以清楚地看到，食管鳞癌（esophageal squamous）和食管腺癌（esophageal adenocarcinomas ）是完全不同的疾病，不应该用同一种治疗试验，对于食管腺癌，可能通过组合治疗方法会得到很好的疗效，后续研究会探讨这些发现的治疗意义。研究人员也表示，他们也将继续寻找新的更好抗癌方法。
