* CY为花菁 (Cyanine) 的缩写，经典的菁染料含有两个含氮杂环，分子内部含有由甲川基 (CH) n 组成的共轭链，n 可为奇数或偶数。这一特性对它们的电子结构可显著的影响电子基态下的平衡结构，共轭链两端或链中间连有杂环、芳环化合物、环烯化合物等与共轭链组成一个大的共轭体系，分子内部的氢可被一定数目的各类取代基取代。CY 系类染料常被用于蛋白，抗体以及小分子化合物的标记，对于蛋白抗体的标记，可以通过简单的混合反应来完成结合。

* 一般的，Cyanine系列染料包含两种异构体的形式，一种是非磺化花青素（non-sulfonated cyanines），一种是磺化花青素（sulfonatedcyanine）。两者的光谱性质几乎一致，因此大部分应用可相互替换，比如，都可用于标记DNA或蛋白等生物分子。两者的主要区别在于：磺化染料是水溶性的，在水相的标记反应体系内不需要使用有机共溶剂，并且降低染料在水中聚集的可能性，增强标记效率。

* Cy 系列属于花菁类染料，其中 Cy SE 是非水溶性形式，Sulfo-Cy SE 是磺酸化的高水溶性形式。被广泛用于标记肽、蛋白质和寡聚体等生物分子。Cy 系列染料除了用于标记生物分子外，也常被用于动物活体成像。由于细胞和组织的自发荧光在近红外波段小，而近红外光在生物组织中的穿透深度较大，因此在检测复杂生物系统时，Cy 系列染料能提供更高的特异性和灵敏度。同时，Cy 系列染料还拥有紫外光区染料和同位素标记无法具备的生物安全性，有利于在活生物体中监控各种标记分子的分布。

* Cy dye free acid系列是一类荧光标记染料，含有游离的、未活化的单官能团羧酸，其中Cy free acid是非水溶性形式，Sulfo-Cy free acid是磺酸化的高水溶性形式。在多数情况下，该系列染料不具有反应活性，可用于样品对照或仪器校准。