Cell Tracker CM-DiI是DiI的衍生物，在水中的溶解性比DiI好。它可以自由穿过细胞膜进入细胞，转化为细胞膜不可渗透的反应产物。Cell Tracker CM-DiI染料通过几代培养保留在活细胞中。Cell Tracker CM-DiI染料至少能稳定发出72 h的荧光，具有理想的跟踪性能，且拥有性质稳定，工作浓度无毒性，良好的细胞保留性等优点，在生理pH条件下可具有明亮的荧光。此外，Cell Tracker CM-DiI 染料的激发和发射光谱与GFP（绿色荧光蛋白）光谱充分分离，可以多种颜色复用。
Cell Tracker CM-DiI包含一个温和的巯基反应氯甲基取代基，该取代基通过与含巯基的肽和蛋白质共价结合，从而可以与含醛基的固定剂交联，固定后染色信号不会丢失。相比于DiI等非共价结合的染料，更适合于固定细胞的染色。